圍繞蟹黃堡的神秘配方，痞老板和蟹老板展開了新一輪的戰爭。雖然海綿寶寶成功挫敗痞老板的猛烈攻勢，但是卻依然中了對方的詭計。關鍵時刻，配方憑空消失，直接後果便是導致沒人能再做出蟹黃堡。對於日常極度依賴蟹黃堡的比奇堡的居民來說，這一消息無異於晴天霹靂。小鎮的寧靜蕩然無存，海底世界陷入末世般的混亂與動蕩之中。由於搭救了痞老板，海綿寶寶被大家當作叛徒對待。危機時刻，海綿寶寶、派大星、痞老板、蟹老板、鬆鼠珊蒂、章魚哥得以穿越時空，並順著蟹黃堡的香味來到了人頭攢動的沙灘上。 在那裏他們遇見了利用詭計偷走秘方的胡子海盜（安東尼奧·班德拉斯 Antonio Banderas 飾），於是一場蟹黃堡的攻防戰由此展開……