上季Max為了摧毀基因庫，回到Manticore。遭遇幼年版的自己，被擊中心髒倒地，Zack捐出了自己的心髒挽回了Max的性命。
　　Manticore轉移到一個隱蔽的退伍軍人醫院，繼續做自己的研究和訓練，並開發出了X6，X7代轉基因人。
　　因為基因庫已被Max摧毀，所以需要X5通過最原始的Sex行為來繁殖下一代。指派給Max的性夥伴竟然是Ben的孿生兄弟，Max為其起名：Alec。
　　Max一直沒有放棄逃出Manticore，她從自己的房間挖了條通道到地下室，在地下室發現了X5之前的幾代轉基因人，因為融合了過多的動物基因，所以外表和人類相差較多。並且碰到最早被博士所製造出來的第一個狗人：Joshua，後來在Alec及Joshua的幫助下。Max逃出了 Manticore。
　　但是Manticore在Max身上下了種病毒，專門用來對付Logan的病毒，隻要他們有身體接觸，Logan就會中毒身亡。解藥隻有一支。解救過Logan之後，Max隻能痛苦得和愛人保持一定距離。
　　同時，Manticore發現Max的基因組合是最完善沒有任何瑕疵的組合。有個神秘組織幾千年來通過正常生育手段來繁殖挑選優秀的基因突變人。此組織某個成員脫離組織後，成立了Manticore，此人就是Joshua所說的“父親”。Max是他精心設計的特殊一人！
　　Max後來潛入了Manticore徹底摧毀了該機構，同時把地下室以及其他X1－X7全部釋放出來。
　　season2的故事這時候才真正地開始，Max如何與Logan在無法接觸中保持愛情？逃出的轉基因人如何在社會中生存？大家對非人形的轉基因人，象Joshua那樣的狗人是接受還是恐懼？神秘組織怎樣才能得到Max？“父親”在Max身上到底做過什麼？？